Правильно: протоколы.
Форма именительного падежа мн. числа – протоколы.
Правильно только типовой во всех значениях.
Варианты равноправны.
Верно: согласно протоколу.
Стоянка поезда – одна минута. Согласно протоколу, решению, расписанию.
В большинстве текстов (кроме международных актов) используется строчная буква.
Логика здесь несколько иная. Несклоняемое приложение обычно ставится после словосочетаний. Именно поэтому корректно сочетание файловая система NTFS. Но при этом возможно: FTP-протокол.